檸檬的品種分類邦尼布雷(Bonnie Brae)：果皮較薄，無籽，表皮光滑，形狀呈橢圓體，主要種植于美國圣迭戈縣。

灌木檸檬：移植生長于澳大利亞亞熱帶地區的檸檬品種，非常硬且皮厚，具有純正的檸檬味道，其果皮可以用于烹飪。在陽光充足的地區該品種的檸檬樹可長至4米。

尤力克(Eureka)：周年開花結果的檸檬品種，是超市里常見的檸檬品種。

費米耐羅圣特雷莎(Femminello 或 Sorrento)：原產于意大利，果皮中檸檬油的含量較高，是經常被用來制造檸檬酒的檸檬品種。

粗皮檸檬(Jhambiri、rough lemon 或 bush lemon)：果皮粗糙，外表呈檸檬黃，且非常酸，在東亞主要被用于根砧木進行育種。

里斯本(Lisbon)：苦檸檬中品質較好的一種，汁水多且酸度高，與尤力克非常類似。該品種的檸檬樹生長力旺盛且多產。

中國檸檬(Meyer lemon)：檸檬與某種桔子或柑橘的雜交，英文名以前美國農業部部長弗蘭克·邁耶的名字命名，他在1908年首先發現了這一品種。與里斯本和尤力克兩個品種相比，中國檸檬酸度更低、皮薄且更耐霜凍。相對于其他品種，中國檸檬在運輸途中需要更多的保護，該品種也沒有大面積地商業化種植。中國檸檬成熟的時候表皮呈現橘黃色。

粗檸檬(Ponderosa lemon)：對低溫較為敏感，果皮非常厚且體積大，有可能是枸櫞與檸檬的雜交體。

紅粉斑斕(Variegated Pink)：屬于里斯本或者尤力克的變種品種，葉片呈雜色樣，且未成熟時果皮呈綠色。當果實成熟時則變為黃色，果汁和果肉呈粉紅色或桃色。維爾托(Verna)：西班牙當地的變種，其來源不明。Yen Ben：來自澳大利亞的栽培變種。