防己自古以來分為漢防己和木防己兩大類，一般習慣所稱的漢防己實際上是防己科的粉防己，而不是馬兜鈴科的漢中防己，商品木防己則為馬兜鈴科的廣防己和漢中防己，有時也包括防己科的木防己。

現時中醫應用防己的經驗是：漢防己偏于利濕走里，可利小便以消腫;木防己偏于祛風而走外，用于祛風濕以止痛。《千金方》治遺尿小便澀，三物木防己湯主之。而李東垣有云∶防己乃下焦血分之藥，病在上焦氣分者，禁用。

防己用于風濕痹痛，多配滑石、伍薏苡仁、蜇砂等清熱除濕之品。對寒濕痹痛，須用溫經止痛的肉桂、附子等藥同用。用于水腫、小便不利等癥，可與葶藶子、椒目、大棗等配伍同用，若屬虛證，常與茯苓、黃耆、白朮等配伍。

防己在食用時候要注意其本身苦寒較甚，不宜大量使用，以免損傷胃氣。食欲不振及陰虛無濕熱者忌用。神農以中品之藥為臣，主通調血氣，祛邪治病，無毒有毒，斟酌其宜，隨病而用。如防己既列中品，且屬無毒，以之治病，有行氣清熱之功。險健為亂之說，竟不知從何處得來，使后人遵之如格言，畏之若毒藥，非先圣之罪人乎。東垣立言，多屬臆說，蓋其人富而貪名，又無格物實學。