感染沙眼可以延續數年乃至數十年之久。沙眼的危害在于并發癥。重癥沙眼后期常發生多種并發癥對眼睛有很大危害，影響視力。常見的并發癥有：

一、眼瞼內翻及倒睫，是因為沙眼衣原體的侵犯使眼瞼結瘢變形，瘢痕的牽拉導致眼瞼內翻倒睫;

二、上瞼下垂，由于瞼結膜及瞼板的組織增生，眼瞼重量增加，同時提上瞼肌功能的減弱而導致輕度上瞼下垂;

三、角膜混濁與潰瘍，由于角膜血管翳和倒睫的長期刺激而引起角膜混濁;血管翳生長前端發性潰瘍，導致角膜穿孔甚至視力喪失;

四、眼干燥癥，由于結膜受侵害，組織瘢痕化，破壞了結膜腺體，使淚液分泌減少而造成角結膜干燥，加重角膜的病變;

五、慢性淚囊炎，由于沙眼衣原體的直接感染所致;還有瞼球粘連及瞼裂變小等。

以上這些并發癥都可能對患者視力造成損害，甚至導致失明。當然，少數患者進入慢性期后也可能慢慢好轉甚至自愈。但由于沙眼衣原體感染性強，在一些沙眼流行或衛生條件相對較差的地區，若個人衛生習慣不好，稍不留神也易重復感染。