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確診肺結核支氣管鏡有比較大的優勢，因為肺結核是因為結核分枝桿菌感染引起的肺部的特殊感染，而常規的痰檢能夠找到結核桿菌的概率比較低，因此診斷肺結核很多時候需要依賴支氣管鏡的檢查，比如取深部痰。因為口吐痰很容易被口腔細菌所污染，經常標本不合格，而支氣管鏡的深部痰可以得到更加準確的結果。另外可以通過支氣管肺泡灌洗進行結核基因檢測，對于診斷結核有很大的幫助作用。另外對于一些病例可以采取經支氣管鏡肺活檢的方式，通過病理診斷也可以達到確診肺結核的目的。現在對于懷疑肺結核的病人，都會常規的進行支氣管鏡檢查，幫助病人確診。