因朱砂有清熱解毒，解心神不寧及失眠，還可解口舌生瘡等疾病因此被廣泛運用于中醫藥學中，祖國醫藥學對朱砂毒性的認識，經歷了由“無毒”到“有毒”，到目前“限量”使用的過程，自《神農本草經》將其列為上品以來，直至明清，對朱砂的毒性，特別是導致慢性中毒的弊端，幾乎均認為朱砂“無毒”，雖然在唐代一些醫家中，曾引起過較大的異議，仍以為其“無毒”，直到明清時期，諸醫家才改變了對朱砂“無毒”的認識，如《本草經疏》中載：“若經伏火及一切烹煉，則毒等砒硇，服之必斃”，不僅指出了朱砂的毒副作用，而且還指出了火鍛可使朱砂的毒性增強，目前中藥學已將朱砂列為“有毒”中藥，且忌火煅，那么常吃朱砂的副作用是什么呢?

現代研究表明，朱砂內服過量可引起毒性。由于無機汞在人體內的吸收率為5%，甲基汞的吸收率可達100%。朱砂在厭氧有硫的條件下，PH7、溫度37℃的暗環境中與帶甲基的物質相遇均能產生甲基汞，而人體腸道正具備一條件，故內服朱砂制劑增加了中毒機會。

朱砂在臨床上的主要中毒表現為失眠多夢，記憶力減退，頭痛頭暈，手腳麻木等，初期表現為惡心，嘔吐，咽喉腫痛，食欲不振，重者可出現消化道出血，常表現在中毒后期，血壓下降，心率紊亂或中毒性心肌炎等。汞吸收入血后通過生物膜進入紅細胞與血紅蛋白的巰基(-SH)結合，可侵害腦細胞、胎兒、精子、卵子、心、肝、腎等，還可抑制多種酶的活性，嚴重時發生急性腎功能衰竭而死亡。

在臨床應用時，只要嚴格按照《藥典》規定使用，并對朱砂開展深入系統的毒理學研究，尤其注意朱砂中汞對中樞神經系統、腎臟及生殖系統的毒性作用，即可揚長避短，趨利避害。