磁石用于肝腎不足，虛陽上亢之頭暈目眩，耳聾耳鳴，視物模糊：磁石味咸質重，性主沉降，能潛降上亢之肝陽，為治陰虛陽亢，頭暈目眩所常用，與白芍、生地、天麻等同用，以滋陰潛陽、平肝熄風，如《醫醇賸義》滋生清陽湯。

磁石用于腎不納氣，上氣喘逆：磁石功能入腎，鎮攝腎虛不納之氣，故虛喘腎不納氣，常配熟地、胡桃肉、五味子等同用。

磁石用于腎水不足，耳目昏聵：磁石能養腎益精，聰耳明目，治腎虛內障，視物模糊，常與朱砂、神曲為丸服，如《千金要方》之神曲丸(即磁朱丸)。若腎虛耳聾耳鳴，可與豬腎同煮服，如《圣惠方》磁石腎羹;若溫熱病后，腎虛精虧而耳聾耳鳴者，亦可用磁石與熟地黃、山萸肉、石菖蒲、五味子配用，以滋陰益腎，如《重訂廣溫熱論》耳聾左慈丸。

此外，磁石研末外敷，可治癰瘡腫毒及創傷出血。

磁石用于心神不安，驚悸、失眠：磁石質重能安神鎮驚，與朱砂同用更佳，亦常與茯神、酸棗仁、遠志等養心安神之藥同用;小兒驚癇用之，既可安神，亦可鎮驚，如《圣濟總錄》以磁石煉水飲。

磁石用藥禁忌：

柴胡為之使，磁石惡牡丹、莽草，磁石畏黃石脂，殺鐵毒;脾胃虛者，不宜多服、久服磁石。