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在臨床上頭部CT和核磁共振存在明顯區別，頭部CT對于腦干部位的顯示不太清晰，核磁共振對腦干部位的部分病變顯示比較清楚。頭部CT和核磁共振需要在不同的狀態下選擇使用，比如在急診時懷疑發生腦血管病的病人，常需要進行頭部CT檢查，因為核磁共振有時在周末無法進行，且核磁共振的預約時間較長。進行腦部CT時可排除是否存在腦出血或蛛網膜下腔出血的情況，如果經過醫生判斷，考慮可能是腦梗，而排除腦出血，不影響患者的治療。患者進一步明確病變時需觀察到細致病變，因為頭部CT只有一個序列，而核磁共振有很多序列，如有T1、T2、FLAIR、DWI、SWI、PWI等。對于腦梗的急性期病變，除診斷腦出血外，對于腦梗等腦血管病、腦出血的急性期等，均可以明確顯示，對于脫髓鞘病變或其他疾病也可以幫助定性，首先明確有沒有發生病變，其次病變性質如何，所以核磁共振在臨床中比較重要。