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肺真菌感染跟結核感染的病原體不一樣。肺真菌感染是真菌引起的肺部炎癥，真菌包括念珠菌以及念珠菌肺炎、曲霉菌引起的曲霉菌肺炎、肺炎球菌引起的肺炎球菌病、少見的馬爾尼菲青霉菌病包括皮炎芽生菌都可以引起肺部真菌感染。二者治療比較繁瑣。肺真菌一般好發于免疫功能比較差的病人，是獲得性感染，當病人條件免疫力比較差的時候容易感染，真菌有完整的細胞核。肺結核是革蘭陽性的特殊細菌，細胞較小，屬于原核生物，且具有傳染性。肺真菌病跟肺結核的共同點在于兩者均比較難治，且用藥時間較長。