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核磁共振屬于通過射頻脈沖激發人體氫質子，改變運動狀態進行成像。CT檢查屬于通過發射X射線，穿過人體再經過接收射線衰減情況形成圖像。較大區別在于磁共振成像無X線輻射，而CT成像屬于X線輻射。此外，通過X射線觀察骨質可表現為高密度，而磁共振成像機制基于氫質子成像，由于骨頭主要成分為鈣磷而氫質子較少，可表現為無信號區。故在磁共振成像中有骨頭表現為黑色或低信號，CT觀察骨頭為白色或高密度，在疾病診斷上CT對骨骼病變相對比較直觀，但若診斷微細病變則磁共振檢查較好。