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CT是利用X線對某部位斷層掃描，類似把面包分層切開，觀察內部細纖維組織。核磁共振是利用人造大磁場，觀察人體內所有水分子在磁場的變化情況，通過計算機后處理技術呈現圖像。核磁共振因為是較大磁場，患者檢查前需要做好準備，例如手機、磁卡、鑰匙無法帶入。并且存在絕對禁忌癥，例如心臟起搏器患者和心臟支架患者。 而核磁共振存在優勢，因為軟組織分辨率較高，適合進行神經系統以及椎體病變，以及腹部檢查。一般建議通過CT檢查胸部和骨骼，例如患者存在咳嗽、氣喘等癥狀，需要進行胸部CT檢查，可能會查出肺炎或腫瘤性病變，骨骼系統一般會有骨梗死、骨腫瘤病變。一般推薦通過核磁檢查神經系統病變以及軟組織占位性病變，神經系統病變則包括腦梗塞、腦出血、腦動脈硬化，脊髓炎、脊髓腫瘤性病變。軟組織以及軟組織腫瘤性病變的具體檢查方式的選擇，應由臨床醫生根據患者情況和體征決定。