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X線和CT檢查均具有輻射，而磁共振檢查無輻射。X片主要用于消化道、泌尿道、乳腺以及骨骼的檢查，對神經系統、頭顱的檢查效果不佳。CT適用于全身檢查，尤其對肺癌篩查效果較好，磁共振檢查也適用于全身檢查。 CT可用于顱腦的檢查，可看到腦室結構，對腦實質顯示不清楚。磁共振圖像會清楚的分出黑色、灰色、淺灰色、深灰色，對腦實質結構層次顯示比CT更清楚。總之，CT、X線和磁共振優勢不同，磁共振更適合于檢查神經系統，CT更適合檢查肺部。