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胃鏡檢查能查出萎縮性胃炎。胃鏡檢查是進行上消化道疾病診斷的非常有效的一種手段。通過胃鏡檢查，可以非常直觀而且清晰的觀察到患者的食管、胃，以及部分十二指腸的黏膜，協助診斷這些部位的疾病。慢性萎縮性胃炎屬于慢性胃炎的范疇，在胃鏡檢查的時候，可以通過觀察胃黏膜的變化，來進行相應的診斷。如果發現胃黏膜出現變薄，同時可以透見黏膜下的血管網或者是出現顆粒不平，相應的腸化，往往在胃鏡下擬診為萎縮性胃炎，最終慢性萎縮性胃炎的確診需要病理學的支持。進行病理學檢查，往往也要通過胃鏡的手段來獲取組織學標本，對于懷疑有萎縮的地方進行黏膜的活檢。如果在顯微鏡下發現黏膜的固有腺體減少，或者是出現腸上皮化生，即可診斷慢性萎縮性胃炎。