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萎縮性胃炎診斷需要通過胃鏡檢查和內鏡下活檢兩方面綜合確診，內鏡下活檢是診斷萎縮性胃炎的金標準。萎縮性胃炎在胃鏡下表現為胃黏膜變薄、發白、粗糙、糜爛等，而淺表性胃炎胃鏡檢查時通過充氣把胃撐開觀察胃黏膜表現，充氣多也可表現為胃黏膜變薄發白，有時難以區分，要組織病理學確診。對懷疑萎縮的部分取活檢，通過病理確定是否有萎縮，病理除提示有無萎縮外，還可提示萎縮程度。比如是否伴有腸上皮化生、不典型增生、異型增生、上皮內瘤變等病理改變，這些病理改變被認為是癌前病變，即有發展為癌的可能，所以內鏡下活檢是診斷萎縮性胃炎的金標準。發現腸化診斷萎縮后，要定期隨訪胃鏡，從而指導治療方案和確定胃鏡隨訪時間。