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耐多藥肺結核的確診方法主要是實驗室診斷手段，可以查痰，即直接做痰培養，痰培養包括固體培養和液體培養，之間存在差別，但重要的是培養結核桿菌，再加以相關藥物檢測是否出現耐藥結核病。 現在診斷手段較多，除培養方法外，還有分子生物學的方法，即基因檢測手段也可以明確是否有耐藥結核病存在。所以耐藥結核病的診斷主要是取分泌物或者組織進行下一步檢測，才是診斷耐藥結核病最直接的手段，并不是出現治療效果不佳，出現嚴重癥狀，就直接認為其是耐多藥結核病，而是需要有直接的依據，即培養結核桿菌，而且結核桿菌對于結核藥物耐藥，才能診斷為耐藥結核病。