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碘缺乏的主要危害，是影響甲狀腺激素的合成。機體的絕大多數碘都是在甲狀腺上皮細胞內聚集，經過酪氨酸碘化，形成單碘酪氨酸、雙碘酪氨酸、三碘酪氨酸和四碘酪氨酸，也就是甲狀腺激素。一般情況下，機體不會缺乏碘，但是在遠離海邊的山區，食物中含碘的物質少，機體合成甲狀腺激素的原料較少，甲狀腺會發生代償性增生、肥大，力圖多合成甲狀腺激素，就會造成地方性甲狀腺腫。如果合并甲狀腺功能減退癥，就稱之為地方性甲狀腺腫伴甲狀腺功能減退癥。現在這種病情非常少，是因為如今這些地區的鹽中，加有大量的碘，碘鹽的使用，使缺碘的癥狀緩解。碘主要是合成甲狀腺激素時需要應用，如果在其他疾病，如橋本甲狀腺炎、核素碘-131治療以及甲狀腺手術切除，甲狀腺組織減少，但是碘并不缺乏。甲狀腺合成甲狀腺激素的場所發生問題，導致的甲狀腺功能減退癥，與地方性甲狀腺腫引起的甲狀腺功能減退癥不一樣。