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肝癌相關的腫瘤標志物中，比較常用的是甲胎蛋白(AFP)，它反映腫瘤的負荷和嚴重程度。臨床上常發現肝癌患者甲胎蛋白增高，但也有5%-10%的肝癌患者甲胎蛋白不高，提示可能是其他類型的肝癌，如肝膽管細胞癌、混合細胞型肝癌。除了甲胎蛋白增高之外，部分患者合并有CA125、CA199等腫瘤標志物的增高。在疾病過程中，腫瘤標志物可以評估疾病嚴重程度，判斷是否復發、轉移，以及瘤負荷狀態。但腫瘤標志物增高不代表一定是腫瘤所引起，如慢性肝炎患者AFP顯示輕度增高，這時需結合患者影像學診斷以及相應的癥狀和體征，來判斷患者病情。對于肝癌患者，無論是早期診斷，還是根治性手術后，做治療過程中監測療效，都需要密切關注AFP的變化。