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腫瘤標志物正常并不能排除肝癌的診斷。肝癌可以分為原發性肝癌和轉移性肝癌，不同來源的腫瘤細胞腫瘤標志物也存在較大的差別，如：1、原發性肝癌：主要是甲胎蛋白異常升高，2/3的原發性肝癌患者甲胎蛋白顯著升高，另外1/3反而正常；2、轉移性肝癌：包括膽管癌、結直腸癌、胃癌、胰腺癌等發生肝轉移，相對應的腫瘤標志物也存在著較大的區別。膽管癌、胰腺癌主要表現為CA19-9異常升高，而結直腸癌主要表現為癌胚抗原即CEA異常升高。所以對于腫瘤標志物的篩查，通常是多種同時檢測。部分早期肝癌，無論是原發性肝癌、轉移性肝癌，均可出現腫瘤標志物正常，但是影像學可以確診。所以腫瘤標志物正常不能夠排除肝癌的診斷，需要結合多種影像學檢查進行判斷，包括CT、核磁共振等，必要時可以做全身PET-CT掃描。在腫瘤來源不清楚或者是無法排除惡性腫瘤時，還需要進行穿刺活檢，進行病理診斷。