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檢查肛腸的方法有很多種，包括醫生做的指檢。指檢是最基本的檢查，但指檢非常重要，能夠摸出很多病變，如70%的直腸癌能夠用指檢摸出來。另外肛門鏡、結腸鏡、全結腸鏡等也是常規采取的辦法。超聲包括普通超聲、腸腔內三維360°立體超聲。如超聲可以分辨出腫塊范圍、腫塊浸潤程度。另外CT、磁共振等也是很重要的檢查，常規用磁共振來判別直腸癌程度，再來制定具體治療方案。 灌腸造影、肛門功能性檢查、結腸運輸試驗、排糞造影等也屬于造影。肛門肛管壓力測定等屬于便秘功能性檢查，還有肌電圖等檢查，針對不同情況、不同病情可以選擇合適的檢查方法。