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朗格漢斯細胞組織細胞增生癥的發病原因目前不明確，曾被認為是一組與免疫功能異常有關的反應性增殖性疾病。但目前較多研究發現，在朗格漢斯組織細胞增生癥患者的病理組織中發現有BRAF-V600E基因突變，突變率可以達到50%以上。沒有BRAF突變基因的患者病理組織標本中，可發現MAP激酶、PI3K/AKT等信號通路異常，參與疾病的形成。 因此朗格漢斯組織細胞增生癥可能是一種髓系腫瘤性疾病，但是相關研究還在不斷進行中，隨著研究進展，關于本病的病因可能會逐漸清晰。