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調節腸道菌群失調的藥物主要為益生菌，可分為真菌類以及非真菌類，即細菌類。常用的益生菌包括雙歧桿菌、三聯活菌，復方嗜酸乳桿菌、酪酸梭菌、乳桿菌二聯活菌、枯草桿菌二聯活菌以及布拉氏酵母菌散。不同人群選擇的益生菌種類及劑量稍有不同，比如雙歧桿菌三聯活菌、枯草桿菌二聯活菌，包括膠囊以及散劑，小孩適合使用散劑，而成人一般使用膠囊。一般建議使用溫開水送服益生菌，避免過高溫度的水或奶沖調，以免益生菌遭到破壞，從而降低作用。腸道菌群失調通常表現為腹痛、腹脹、便秘或者腹瀉，可行大便化驗觀察球桿比是否失調以及腸道菌群分析，以判斷是否存在菌群失調。