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幽門螺桿菌目前的治療主要是四聯療法，包括PPI制劑加鉍劑加兩種抗生素進行兩周的治療，抗生素一般包括阿莫西林、左氧氟沙星、克拉霉素。如果病人沒有青霉素過敏，青霉素皮試陰性，首選阿莫西林加克拉霉素。如果病人青霉素過敏，可以選擇左氧氟沙星加克拉霉素，兩種抗生素加鉍劑加PPI制劑的四聯療法治療，根治成功率很高。目前隨著幽門螺桿菌治療的普遍，其耐藥性也逐漸增高。針對耐藥性，可以對四種藥進行檢測，根據檢測進行調整。PPI制劑可以進行基因檢測，檢測是快代謝還是慢代謝。如果是快代謝的病人，PPI制劑需要加量。目前克拉霉素耐藥性也逐漸增高，可以選擇四環素或者呋喃唑酮等抗生素。此類抗生素由于很長時間用藥量非常小，或者已經很長時間沒有使用，耐藥率還很低。