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經過多年臨床實踐，腸外營養理論、技術和營養制劑的開發都有了較大發展，但腸外營養同樣可能導致一系列并發癥，嚴重情況下甚至會危及患者生命。腸外營養的并發癥主要分為與輸注途徑有關的導管相關并發癥和與輸液成分有關的代謝性并發癥。導管相關性并發癥常發生在中心靜脈置管過程中，也有少數是長期應用導管護理不當或拔管操作不當所致。腸外營養中各組分供給不足或過量均會引起代謝性問題。 相關肝臟疾病是腸外營養的長期并發癥，包括肝臟脂肪變性和肝臟膽汁淤積等。長期腸外營養時，腸道處于休息狀態，腸道激素分泌多受抑制，膽囊運動減少，膽汁成分改變，導致膽囊淤積和膽囊擴張，進一步可發展為膽石癥和膽囊炎。長期腸外營養可能破壞腸黏膜的正常結構，導致腸黏膜上皮萎縮、變稀，皺褶變平，腸壁變薄，腸通透性改變，腸屏障功能改變，腸道菌群移位等腸源性感染。