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中毒型菌痢的腸道表現并不突出，反而以大腦病變為主要表現，如抽搐、意識不好，甚至頭痛、嘔吐。實際是因為痢疾桿菌毒素比較厲害，盡管沒有腸道病變，可是已經影響大腦的功能。中毒型菌痢在臨床上比較常見于年長的兒童，可能吃被細菌污染的食物，然后就會出現高燒、意識不好、抽搐。在診斷的時候需要與大腦本身的病變進行鑒別，比如腦炎，要及時采集肛拭子做糞便檢查，包括涂片、糞便培養等，可以幫助鑒別診斷。