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乳腺癌的免疫組化指標是基于對病變形態的判斷，可評估癌變是原位的還是浸潤型病變。如果是浸潤性癌，通常會選擇ER、PR、HER-2及KI67等表達。 此四項指標能夠幫助判斷內分泌狀態，判斷HER-2的擴增情況。KI67是一個增殖指數，可幫助判斷腫瘤生長的快慢。如果ER、PR是陽性，提示可對病人進行內分泌治療。如果HER-2是擴增陽性，提示可對病人進行赫賽汀治療。如果是原位癌，選擇肌上皮標記觀察腫瘤細胞是否蔓延。