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口腔潰瘍本身不影響核酸檢測，大多數的核酸檢測要求取樣部位是口咽部和鼻咽部，要在足夠的區域取到口腔內的分泌物，而大多數口腔潰瘍發生的位置是口腔黏膜，比如唇、舌、頰、鄂、口底等位置，真正發生在口咽部或者鼻咽部的潰瘍很少，而且口咽部和鼻咽部的潰瘍，在治療方面也不是以局部用藥為主，所以本身口腔潰瘍不會影響核酸檢測。但因為口腔潰瘍的患者，由于局部會存在明顯的疼痛癥狀，在接受檢測的時候，疼痛可能使張嘴受到限制，取樣時要拿棉拭子在局部反復操作，因為疼痛原因，患者配合度會差，所以總體來說口腔潰瘍對核酸檢測結果并無影響，但會對取樣過程有影響。