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正常人體小腸、結腸有大量細菌，叫益生菌。若有益細菌減少，有害細菌增多，叫菌群失調。菌群失調后，比較常見的癥狀會出現腹痛、腹瀉、消化不良、便秘、大便干稀不調。菌群失調以后，治療有益生元、益生菌都可選擇。 目前有研究直接在健康人體糞便提取有益菌，再回輸給患者，回輸可選擇從灌腸方式。若口服，細菌可能在胃里被胃酸殺死，因此通常采取灌腸，患者更容易接受。益生菌有很多是腸溶性，到腸道后才崩解，能夠調整改變整個菌群環境，是菌群失調的主要治療方式。