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胃腸間質瘤患者治療方法與多數其他實體類腫瘤相似，即藥物治療和外科手術。但胃腸間質瘤較為特殊的是作為消化系統腫瘤，在所有實體腫瘤中對靶向藥物療效十分明確，因此可將胃腸間質瘤患者分為幾類人群，常見治療方法如下：1、晚期治療：對于初診即為晚期患者可通過外科手術進行治療，晚期包括復發、轉移或初始不可切除的腫瘤。此類患者首先考慮病理活檢以明確胃腸間質瘤的診斷，然后開始相應的靶向藥物治療；2、手術治療：初期可切除腫瘤的患者，最佳治療手段是通過外科手術實現根治性切除。根據切除后病理分析，可對此類患者危險度進行分級，從而決定術后是否需要接受靶向藥物的輔助治療；3、圍手術期治療：對于部分患者腫瘤較大或部位較為特殊的情況，直接進行手術可能存在較大難度或風險，手術可能涉及到多個臟器聯合切除。對于此類情況可采取圍手術期的藥物治療或術前新輔助治療方式，患者于術前經過活檢取得明確病理證據，進而開始靶向藥物治療，在腫瘤逐漸縮小并降期后再開展外科手術治療，術后可能根據具體病理情況再行序貫后續靶向藥物治療。