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一般克雷伯桿菌肺炎首選抗生素，是三代頭孢和四代頭孢，如頭孢他啶、頭孢克肟、頭孢唑肟等，頭孢吡肟也為四代頭孢，即常用的抗生素，并且抗菌活性較強。除頭孢類的抗生素，即β-內酰胺類以外，常用的還有大環內酯類、喹諾酮類以及氨基糖苷類。如果患者入院后發現咳磚紅色的痰，需高度懷疑克雷伯桿菌肺炎，這時給予頭孢類的抗生素，如果對頭孢過敏，可以選擇青霉素類或大環內酯類，如哌拉西林、他唑巴坦、阿奇霉素、克拉霉素以及阿米卡星，喹諾酮類有左氧氟沙星、莫西沙星。如果診斷為克雷伯桿菌肺炎，可能已經做過藥敏，目前克雷伯桿菌肺炎還有是耐藥以及高毒立，所以對于選藥提出更高要求。克雷伯桿菌肺炎培養陽性率較高，培養出細菌之后再根據藥敏選藥，從而針對性更強、治療更好。