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耐藥性肺結核的確診方法主要是通過痰檢測，痰送檢結核菌培養或快速培養同時做藥敏試驗來判斷病人對結核藥物是不是產生耐藥性。缺點是需要比較長的時間，大概2個月左右才能夠確診。 另外，比較迅速的送檢痰Xpert，這種方法一天左右可以出結果，缺點是費用比較高，但迅速可以得出是不是耐利福平。此外，可以送檢病人的痰液或灌洗液做基因檢測，基因檢測出結果的時間是5-7天，可以判斷患者是否出現異煙肼、利福平、乙胺丁醇和鏈霉素耐藥情況。 通過這三種辦法，大部分病人能夠早期得到是否患有耐藥肺結核。如果診斷耐藥肺結核，要及時按照耐藥肺結核來進行治療，避免耽誤病人病情。