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炎癥性腸病無診斷的金標準，醫生通常會根據患者的臨床癥狀并結合相應體格檢查、實驗室檢查、CT、腸鏡及消化道造影等綜合判斷。潰瘍性結腸炎患者主要通過腸鏡下，發現潰瘍性結腸炎黏膜特征改變，而彌漫性損害包括彌漫性出血、小潰瘍、黏膜脆性增加、顆粒樣改變。病理學檢查可以發現隱窩炎、黏膜和黏膜下層炎癥改變。克羅恩病患者需進行血液檢查，明確炎癥指標增高。此外還需通過結腸鏡檢查、小腸鏡檢查以及腹部CT檢查明確有無重型潰瘍、Crohn病改變、CT束狀征及腸壁增厚等特征改變，患者可以結合臨床表現明確診斷。