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肺炎支原體與衣原體均屬于非典型病原體，支原體是介于細胞與病毒間的微生物，是能夠在體外培養基中培養的最小病原微生物。衣原體是細胞內生長的微生物，無法獨立生存，并且無法進行體外培養。 臨床在支原體與衣原體的診斷過程中，主要通過抗體滴度的明顯增高或應用PCR技術進行診斷，還可通過抗原檢測確定支原體或衣原體感染的存在。 所以支原體與衣原體是兩種不同的病原微生物，二者在臨床表現上類似，感染存在較長的潛伏期，患者會出現明顯的咽痛、耳部疼痛及干咳等癥狀，并且干咳癥狀可以持續較久。 治療時均首選大環內酯類藥物，若大環內酯類藥物效果較差，則可選擇氟喹諾酮類藥物，但青霉素對支原體與衣原體均無效果。