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核酸檢測可以檢查出梅毒，通常將梅毒螺旋體的核糖體RNA作為模板進行檢測，采用反轉錄-聚合酶鏈式反應(RT-PCR)的方式進行檢測，相對較復雜，較多醫院并沒有開展此項檢測的研究。醫院常用的檢測方式為梅毒血清學檢測，通過血清標本檢測患者是否存在梅毒特異性血清性抗體，或進行梅毒非特異性血清學抗原試驗，前者包括TPPA和TPHA，而后者包括RPR和TRUST。由于上述兩種檢測臨床上簡單易行，且靈敏度、準確性較高，因此成為臨床中梅毒的主要檢測方式。如果需采用核酸檢測的方式進一步驗證，需到有資質的醫院開展相關檢測，但通常單純做梅毒血清學檢測能達到診斷和臨床觀察療效的效果。