新生兒有時還會受到母體用藥的影響，因為多數藥物其代謝產物都可通過乳汁進入新生兒的體內，產生損害作用。例如磺胺藥、利尿劑、避孕藥、巴比妥類、水楊酸鹽、抗組織胺類，以及利血平、碳酸鋰、丙咪嗪、維生素K、苯妥英鈉等藥物，在乳汁中的濃度雖然不高，但連續使用，會對嬰兒有不良反應。

　　又如溴劑、碘劑、汞劑、抗凝血藥、麻醉藥、麥角制劑、放射性藥物，以及安寧、阿托品、氯丙嗪、異煙肼、四環素、紅霉素、滅滴靈、硫氧嘧啶等在乳汁中的含量超過母體的血藥濃度，對嬰兒有害，因而哺乳期應當禁止使用。若必須服用時，可暫停授乳。

　　哺乳期，母體需要補充維生素B1，如果缺乏維生素B1，則可發生糖代謝不全，致使乳汁中分泌出乳酸、丙酮酸及甲基乙二醛等有害物質，可造成嬰兒中毒。

　　在新生兒的紅細胞內，如果先天性缺乏6-磷酸葡萄糖脫氫酶和谷胱甘肽還原酶，而乳母服用了磺胺藥、抗生素、抗瘧藥、抗結核病藥，以及阿司匹林、非那西丁、呋喃妥因、水溶性維生素K等藥物，或者食用蠶豆，都可使嬰兒發生溶血性貧血，嚴重時將危及生命。

　　乳母若飲酒過量，給嬰兒哺乳后會造成嬰兒大汗淋漓，酣睡不醒，對痛覺失去反應；若吸煙過多，也能引起嬰兒煙堿中毒，出現煩躁不安、嘔吐、腹瀉、失眠、心動過速及循環障礙等。