扁平疣患者可以使用抗病毒藥物，包括阿昔洛韋片、泛昔洛韋片、鹽酸嗎啉胍片、利巴韋林片等，以及外用藥物，如噴昔洛韋軟膏、干擾素軟膏等來抗病毒。還可以口服轉移因子口服液或胸腺肽口服液，或肌肉注射草分枝桿菌注射液、卡介菌多糖核酸注射液來提高免疫力。
建議在治療過程中，注意局部皮膚的清潔，避免導致繼發感染，并保持良好的個人衛生習慣。堅持體育鍛煉，增強體質，提高機體抵抗力，這樣有助于疾病的恢復。同時做好病情的監測，監測有無其他不適癥狀，一旦發現身體不適，及時就診。
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