EB病毒的治療效果因人而異。
對于大多數健康人而言，EB病毒感染通常具有自限性，可以通過日常護理和減少身體刺激來緩解癥狀，有自愈傾向。如果EB病毒在血液中檢測是陽性，可以使用更昔洛韋、阿昔洛韋等抗病毒藥物進行抗病毒治療，大多數患者可以治愈。
然而，對于免疫力低下的人群，如先天性感染EB病毒人群，以及長期使用糖皮質激素治療或免疫抑制劑治療的患者（如紅斑狼瘡、類風濕關節炎等），以及腫瘤放化療病人，因為免疫力低，容易導致EB病毒慢性化反復發作，治療較為困難。
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