HPV的治療效果因人而異。
多數HPV感染比較好治療，通常在2年之內可以出現HPV感染轉陰。免疫力較弱的人群可能無法徹底消滅HPV病毒，使HPV病毒在細胞上生存、繁殖，誘發癌前病變或者宮頸癌，這種情況則不好治療。
如果HPV感染引起尖銳濕疣，通常比較好治，如遵醫囑局部涂抹咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶或局部注射干擾素，或者使用激光、冷凍等物理方法來清除疣體。此外還可選擇光動力治療，通過光敏劑和特定波長的激光照射，達到治療目的。對于皮損分布比較廣泛或通過藥物、物理治療、光動力治療效果不佳者，也可采取手術的方法直接將疣體切除。
如果因HPV病毒感染引起宮頸癌，通常治療比較困難，一般需要根據患者的年齡、病理類型，選擇合適的手術方法如、根治性子宮切除術等，手術前后還要根據患者自身情況，選擇長春新堿、博來霉素等化學藥物以及放療進行輔助治療。
總的來說，堅持定期篩查、早期診斷、定期隨訪、定期治療是應對HPV感染的最佳方式。
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