睫毛根部長了疣，去除的最好方式因人而異，可以根據具體情況選擇藥物治療、激光治療或手術治療，以下是具體的方法：
1. 藥物治療：可以在醫生的指導下使用維A酸軟膏、他扎羅汀乳膏、氟尿嘧啶注射液等藥物進行治療，但需要堅持使用才能見效。
2. 激光治療：通過熱效應破壞、汽化疣，從而達到治療效果，具有損傷小、不良反應少的特點。
3. 手術治療：也可以通過外科手術的方式切除疣，但易導致疣復發，且容易出現瘢痕，因此需要謹慎選擇。
在治療后，要避免搔抓疣和正常皮膚，以免因自身接種而導致身體其他部位感染，并且及時復診。建議您最好咨詢醫生了解更多信息。
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