在大多數情況下，懷孕40天B超是能夠看到孕囊的。但是也有一些特殊情況下，B超無法看到孕囊。
比如對于月經不規則的女性，可能存在排卵期的延遲以及受精卵形成時間比較長，40天B超可能看不到孕囊。另外，如果胚胎發育不好，有可能表現出胎停的現象，B超也可能看不到明顯的孕囊。還有一種可能是宮外孕，在B超下無法顯示宮腔內有孕囊的表現。
因此，懷孕40天B超如果沒有看到孕囊，可以先不要擔心。抽血測HCG進行動態的監測，并且結合動態的超聲檢查進行綜合評判。以上信息僅供參考，具體情況還需醫生根據患者的情況進行判斷。
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