臉上長扁平疣主要是由人乳頭瘤病毒感染引起的，也可能是長期受到日光照射或免疫系統功能低下所誘發。
人乳頭瘤病毒通過破損的皮膚會感染表皮細胞而引起皮膚病變，且會通過皮膚破損自身傳染，從而造成臉上長扁平疣。長期受到日光照射可造成皮膚抵抗力下降，如果本身就有扁平疣的情況，人乳頭瘤病毒會大量繁殖，若臉上皮膚受到日曬傷，有可能會發生自身傳染而引起臉上長扁平疣。免疫系統功能低下的人如果受到人乳頭瘤病毒感染，因身體無法抵抗病毒，可造成感染而誘發臉上長扁平疣。
扁平疣不僅可以自身傳染，還可通過直接接觸傳染給他人，因此不少青年患者不了解該病的自身傳染性，時常有意無意地搔抓患處，結果發現疣體越來越多，甚至沿抓痕呈串珠狀排列或密集成片。另外，機體免疫力低下的人也比正常人容易傳染到扁平疣。需要注意的是，扁平疣可以通過污染物，如針、刷子、毛巾等間接傳染，外傷也是引起傳染的重要因素。
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