影響兒童生長發育的因素很多，大致可分為內在因素和外在因素兩大類。
遺傳是很重要的內在因素。小兒生長發育的特征、潛力等都受父母的種族、身材、外貌等遺傳特征的影響，如皮膚、頭發的顏色、身材高矮、面型特征、性成熟的早晚等。遺傳性疾病無論是染色體畸變或代謝性缺陷都會對生長發育有影響。
性別對生長發育的速度和特征也有影響，表現出男女孩之間的差別。一般女孩在青春期前平均身高、體重較同年齡男孩小。但女孩青春期開始較男孩約早2年，所以在11~12歲后的2~3年中，女孩身高、體重都比男孩增長快，但以后男孩還是要趕上并超過女孩。青春期以后，女孩骨盆較寬，兩肩距離較窄，皮下脂肪發達；而男孩則肩寬，肌肉發達，這是性別對體型的影響。因此，在評價兒童生長發育時，男女應選擇不同的標準。
內分泌腺的功能對生長發育起重要的調節作用，以甲狀腺、腦下垂體、性腺的作用尤為突出。甲狀腺功能低下，基礎代謝緩慢，造成體格矮小，智力障礙；腦下垂體功能不全，生長激素不足則引起垂體性侏儒癥；性腺內分泌促使骨骺閉合，影響生長發育，因此青春期開始較早者身材矮小。
母親懷孕期間的營養狀況、疾病情況、生活環境等各方面都對胎兒的生長發育產生重要的影響。而宮內生長發育障礙影響出生后小兒生長發育甚至累及終生。
在各種外界因素中，營養對生長發育的影響最為重要。年齡越小受營養的影響越大。疾病對小兒生長發育的阻擾作用十分明顯，急性感染常使體重減輕，而反復感染及慢性疾病則同時影響體重和身高的增長。生活環境對兒童發育的影響也不可忽視，良好的居住環境、充足的陽光、新鮮的空氣、合理的生活制度、體育鍛煉、游戲、教育等，對兒童生長發育都起著重要的促進作用。
