月經干凈后又有褐色分泌物的原因可能有以下幾種：
1. **月經沒有排干凈**。部分女性可能在月經期三四天以后突然出現月經消失的現象，而后有斷斷續續出現褐色分泌物，這實際上還是經血，只是因為此時經血量過少，在陰道中淤積被氧化所引起。
2. **內分泌紊亂**。女性存在內分泌紊亂的情況，導致月經失調，也可能出現月經完了后有褐色分泌物的現象。
3. **婦科炎癥**。常見于宮頸炎、陰道炎等疾病，在炎癥的刺激作用下，都可能會引起月經異常，從而出現月經完了后有褐色分泌物。
4. **子宮頸分泌物**。子宮頸分泌物可能在月經周期不同階段產生變化，在月經結束后，子宮頸分泌物可能變濃稠，并與舊有的經血混合，導致褐色分泌物出現。
5. **排卵期**。排卵期之后，黃體形成并開始分泌黃體酮等激素，這些激素影響可能導致子宮頸分泌物發生變化，呈現褐色或帶有血絲。
6. **子宮脫落物**。在月經結束后，子宮內膜的一部分可能會繼續脫落，從而引起褐色分泌物的出現，通常是正常的生理現象，無需特殊治療。
7. **子宮頸炎**。可能是在月經期不注意個人衛生，或者是不勤換衛生巾等，導致細菌等微生物上行感染，誘發子宮頸炎，在局部形成炎癥，在炎性因子刺激下便會出現褐色分泌物。此時還會伴有局部疼痛、異味等癥狀。
以上是可能的原因，具體原因需要去醫院由醫生進行診斷。如果伴有其他不適表現，應盡早就醫，確診誘因后，由醫生指導進行治療。
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