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支原體與衣原體感染的臨床癥狀非常相似，且治療方法也完全相同，即使用大環內酯類的抗生素或四環素類的藥物，因此從感染的臨床表現以及治療的角度而言，二者無明顯區別。但兩種微生物本身不同，且感染的器官發生率也不同，常見分析如下：1、發生率：支原體、衣原體的感染常見于呼吸系統，即肺部，以及尿道、生殖系統等。目前支原體、衣原體引起的非淋菌性尿道炎的發生率越來越高，衣原體在尿道炎中的發生率占非淋菌性尿道炎的40%-50%，而支原體大概占20%-30%；2、微生物本身：衣原體常寄存于腺上皮，在細胞中寄生，引起局部的感染和炎癥的出現，導致出現分泌物，或尿頻、尿急等現象。支原體中的肺炎支原體，是常見的引起肺部感染的類型，解脲支原體、人型支原體、生殖支原體是引起尿道感染的主要亞型，支原體無細胞壁結構，在細胞外生長，是目前所知的最小微生物。