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化膿性關節炎主要致病菌包括兩大類，一類是革蘭氏陽性菌，另一類是革蘭氏陰性菌。其中以革蘭氏陽性菌出現的化膿性關節炎最多，包括常見的金黃色葡萄球菌、鏈球菌和普通的葡萄球菌、表皮葡萄球菌等，都會導致化膿性關節炎。另外，革蘭氏陰性菌在上述情況下，也可以引起化膿性關節炎，包括大腸桿菌、陰溝腸桿菌等。另外不同的關節部位，化膿性關節炎主要感染的致病菌也不一樣，比如肩關節，其化膿性感染還包括痤瘡丙酸桿菌等。所以在診斷化膿性關節炎時，首先會區分是革蘭氏陽性菌還是陰性菌。絕大多數情況下是身體表面、皮膚表面已經存在的細菌導致關節化膿性感染，但具體細菌要根據細菌培養的結果明確。