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引起甲胎蛋白升高的原因主要包括腫瘤、炎癥、某些先天性因素，或者原因不明所致。甲胎蛋白是目前臨床上一種重要的腫瘤標志物檢查，包括慢性肝炎、肝硬化，或者長期飲酒的人群，建議定期進行甲胎蛋白檢測，以早期發現患肝癌的可能。甲胎蛋白在原發性肝癌的診斷中具有重要意義，如果甲胎蛋白超過400ng/mL，影像學發現典型的肝癌表現，即可以臨床確診肝癌，如果甲胎蛋白達不到400ng/mL，但是呈現進行性升高或者持續時間較長，影像學發現肝臟占位，也高度懷疑肝癌的可能。但是慢性肝炎、肝硬化、某些女性婦科疾病等，或者是生殖系統的疾病也會引起甲胎蛋白的異常升高。有的人在查體時發現甲胎蛋白輕度升高，而沒有影像學特異性的發現，這種情況則難以用腫瘤或者炎癥來進行解釋，通常建議定期檢查就可以。