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細菌感染的原因包括外源性細菌感染和內源性細菌感染。 對于外源性細菌感染，比如結核分枝桿菌、傷寒沙門菌進入人體正常組織，抵抗宿主的防御功能，在體內繁殖，導致機體的組織出現損傷和功能障礙。這類病原菌導致的感染稱為外源性細菌感染。 人體正常體表與外界環境相通的各種腔道，比如口咽、腸道、泌尿生殖道，存在著各種的微生物。這些微生物在人體免疫功能正常的情況下，對人體是有益無害的，稱為正常菌群，宿主正常菌群和外界環境相互適應、保持平衡。一旦菌群之間的平衡被破壞，就會造成菌群失調，可能就會導致感染。另一方面，如果機體免疫功能下降，使原來聚集于口咽部、腸道、泌尿生殖道的正常菌群移行到易感部位，進而導致感染，這種稱為內源性細菌感染，又稱機會性感染。