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上呼吸道是指環狀軟骨以上的呼吸道，具體是指鼻、咽、喉三個部位，部分口腔、扁桃體等也屬于上呼吸道。上呼吸道因為跟外界的空氣直接接觸，屬于門衛器官。如果外界空氣環境里有細菌、病毒，就很容易被上呼吸道攔截下來，在上呼吸道留下痕跡。所以可以在上呼吸道采集標本，進行病原學的檢測。部分口咽部正常的寄生菌可在上呼吸道采取，可能無法區分是正常的寄生菌還是病原菌，要根據具體情況分析。上呼吸道最常見的病變是外來病變引起的炎癥，有時也可能是慢性病變引起的其他非感染性病變，需要內窺鏡進行檢測。