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幽門螺桿菌試紙的應用通常需取牙菌或牙菌斑，取牙菌斑后觀察顏色變化判斷有無幽門螺桿菌，但不推薦因準確度欠佳。建議患者到醫院進行呼氣試驗包括碳13或碳14，原理是通過幽門螺桿菌分泌尿素酶分解尿素，將有特殊標記的膠囊通入體內，通過呼氣檢測出呼出氣體標記的碳13或碳14，可評估患者是否具有幽門螺桿菌。檢查結果較為準確，但需要空腹到醫院進行檢查。此外，有可自行檢測的方式，稱為糞便抗原檢測，患者可在醫院買到糞便抗原檢測試劑盒，通過排便取糞便并進行檢測。同樣檢測后通過顏色變化即是否出現兩道杠，明確糞便內是否含有幽門螺桿菌抗原，若糞便內含有幽門螺桿菌抗原，考慮為幽門螺桿菌陽性。