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肛門內有很多正常菌群，以厭氧菌為主。其次是一些需氧陰性桿菌，比如大腸埃希菌。所以，大便培養對于一般細菌培養無意義，主要針對一些特殊病原菌。 如果化驗單沒有特殊注明，糞便細菌培養一般針對志賀菌和沙門菌，志賀菌主要引起細菌性痢疾，沙門菌主要引起沙門菌腸炎。在特殊地方或者特殊季節，比如山東每年5月1日到10月30日需要進行霍亂弧菌培養，需要臨床醫生在化驗單上特殊注明，因為培養條件、培養溫度、培養范圍與一般細菌不同。