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非疾病性狀的選擇，比如性別、身高、膚色、容貌，不允許做第三代試管嬰兒。對于家族性遺傳性疾病的攜帶，比如X連鎖的遺傳性疾病攜帶，經過嚴格的遺傳咨詢和診斷，可以選擇不含有致病的胚胎進行移植。第三代試管嬰兒是胚胎著床前的遺傳學檢測，主要是針對于夫婦雙方或者是一方有染色體異常，比如常見的羅氏易位、平衡易位、倒位等人群。對于某些單基因病，比如地中海貧血、苯丙酮尿癥、白化病等遺傳性疾病，需進行胚胎著床前的遺傳學診斷。除此之外對于高齡孕產婦，有反復著床失敗或者反復流產的人群，也可以在胚胎著床前進行遺傳學篩查。