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肺結核診斷最可靠的依據，是細菌學診斷標準。細菌學的標準可以來自于呼吸道分泌物，及經纖維支氣管鏡肺泡灌洗獲得的標本、涂片培養發現結核桿菌。還可以通過病灶經皮肺穿、組織活檢、細胞學、組織學病理，發現朗罕氏巨細胞，也是肺結核診斷可靠的診斷依據。大多數肺結核患者，無法獲得呼吸道分泌物結核桿菌陽性的診斷標準，再加上患者本身不是從呼吸道排菌的菌陽者，結核性胸膜炎的胸腔積液不是結核桿菌在局部生長繁殖導致的胸腔積液，因此在胸腔積液里也無法找到細菌學的診斷依據。肺結核的組織學、細胞學的標本為有創，不經過有創的途徑無法獲得細胞學和組織學的病理標本。因此多數情況下，肺結核的診斷依靠臨床癥狀、體征、胸部X線的病灶，結合實驗室、結核菌素試驗、T細胞斑點試驗等綜合評判、分析、診斷。有時還要依靠經驗性抗結核治療，來佐證肺結核診斷的確立。